هدف از درمان آفت دهانی کنترل درد
کوتاه کردن مدت زمان لازم برای بهبود ضایعات قبلی و جلوگیری از ایجاد ضایعات جدید است.آفت درمان قطعیای ندارد. درمان آفت راجعه (برگشت پذیر)، برطرفکردن عواملی است که باعث صدمه و تحریک مخاط دهان میشوند. در تمام موارد درمانی ابتدا باید عوامل شناخته شده تشدیدکننده یا ایجادکننده ضایعات را قطع و بهداشت دهانی را کاملا رعایت کرد.
اگر در یک فرد بالغ آفت شروع یا تشدید شود، باید به وجود یک عامل زمینهای شک کرد.
اگر به ارتباطی میان بروز آفت و مصرف یک ماده غذایی مشکوک هستید، باید از رژیم غذایی بیمار حذف شود.

آنتی سپتیکها :
مواد آنتی سپتیک به صورت دهانشویه مایع یا ژل در کاهش موقت عفونت ثانویه مفیدند و گزارشات زیادی از اثرات مفید دهانشویه در درمان آفت وجود دارد. کلرهگزیدین می تواند دوره زخمها را کوتاه و فواصل بین آفتهای عودکننده را زیاد کند اما نمی تواند مانع عود زخمها شود.

داروهای بی حس کننده :
استفاده از شربت دیفن هیدرامین و شربت آنتی اسید یا هیدروکسیدآلومینیوم به نسبت مساوی قبل از غذا درد بیماران را کاهش میدهد. همچنین نگه داشتن یک قاشق چایخوری محلول زایلوکائین 2 درصد برای چند دقیقه در دهان از شدت درد میکاهد.

استروییدهای موضعی و سیستمیک :
این گروه داروها با اعمال اثر ضدالتهابی و بلوک لنفوسیتها نقش خود را در درمان آفتهای دهانی ایفا میکنند. شایعترین داروهای استروییدی که به صورت موضعی در دهان استفاده میشوند، هیدروکورتیرون هموسوکسینات و تریامسینولون استوناید هستند.استفاده از استروییدها به صورت سیستمیک در درمان آفت های کوچک اندیکاسیون ندارد و فقط در درمان آفتهای ماژور و در موارد شدید و برای دوره محدود تجویز میشود.

آنتی بیوتیکها :
استفاده از آنتی بیوتیکها روشی موثر در تسکین علایم ایجاد شده توسط عفونت ثانوی است. دهانشویه های حاوی تتراسیکلین یا کلرتتراسیکلین اغلب درد را کاهش می دهند و به دنبال کولونیزاسیون کمتر محیط، زخمها سریعتر بهبود می یابند، ولی این درمان در عود زخم ها بیتاثیر است.

داروهای تنظیم کننده ایمنی :
لوامیزول :
این دارو مشتق ایمیدازوتیازول صناعی و محرک دستگاه ایمنی است. در ضایعات آفتی نیز اثرات مثبت به اثبات رسیده اند.

سوکرالفیت (Sucralfate) :
مقایسه اثر سوسپانسیون دهانی سوکرالفیت و دارونما، دوره درد کوتاهتر و زمان لازم برای بهبود کمتری را در گروه استفاده کننده از سوکرالفیت نشان داده است.

کولشیسین:
این دارو میتواند از عود ضایعات جلوگیریکند یا از شدت آنها بکاهد.
آزاتیوپرین
گاماگلوبولین

درمانهای متفرقه :
تجویز داروهایی نظیر دیکروموگلیکات، پنتوکسیفیلین، سولفاتروی و تاکرولیموس موضعی در درمان آفتهای دهانی موثر گزارش شدهاند. البته اثبات اثربخشی آنها هنوز به بررسی نیاز دارد.